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San Miguel de Neguera es una aldea ubicada a la orilla del río San Juan, en el término de Sebúlcor, actualmente en ruinas.
En un documento de 1076, por el que el rey Alfonso VI cede al abad Fortunio y al monasterio de Silos el lugar de San Frutos, se habla del "vado de Neguera". En 1247 era una aldea diminuta que pagaba al obispado de Segovia tan solo dos maravedies. En 1632 se desmiembra esta parroquia de la del Salvador de Sepúlveda y queda incorporada a Sebúlcor. Por lo tanto, como ahora era un barrio de Sebúlcor, se nombra "El Varrio" en 1759, con seis vecinos, y "Barrio de San Miguel de Neguera" en 1826 con once vecinos y cincuenta habitantes. Desde esta fecha su número de habitantes fue disminuyendo hasta la actualidad en que se encuentra deshabitado y en ruinas.